全自動菌落計數器以其計數準確、自動化程度高、保留樣本信息、使用方便、一般可在數秒內計算出樣本菌落數而受到眾多企業、醫院、科研院所的喜愛。全自動菌落計數器技術含量高，如果在選型上出現問題，會給以后的檢驗和科研帶來很大的不便。因此，選擇一個滿足使用需要的菌落計數器至關重要。那么，如何選擇優質的全自動菌落計數器呢？
1、根據實際使用需求確定CCD傳感器的等級。
很多用戶喜歡選擇高像素的菌落計數器，但沒有考慮到檢驗和科研的實際應用需求，所以用戶在購買前一定要確定好菌落計數器的實際使用環境及需求。
2、看圖像采集通道功能，指標越多越好
所謂“圖像采集通道"，是指菌落計數器獲取樣本信息的能力，即菌落計數器是否在計數前開始計數初始信息誠實可靠。如果圖像采集通道的功能過于單一，后期計數時容易出現誤判，所以“圖像采集通道"指標越多越好。指示劑響應時間越小，菌落計數器獲取樣本信息的能力越強。
3.查看最小菌落分辨率是多少。
一般入門級菌落計數器的最小菌落分辨率多為0.1mm左右，中型則為0.05mm左右。如果實際上是比較入門和機型的圖形文件顯示能力，配合高分辨率計數器，在菌落小的時候效果會更明顯。
4、看有沒有數據和報表管理功能
購買菌落計數器時，一定要選擇具有數據和報表管理功能的設備，因為微生物的不可重復性和以往檢驗數據的管理和回溯極其重要，否則實際中繁雜的統計數據和報表管理工作會耗盡科研人員的精力。
5、看是否方便使用
全自動菌落計數儀的主要優點之一是減少了人工菌落計數的工作量，減輕了工作人員的工作強度，但由于菌落形狀和樣品狀態的不確定性，市場上的菌落計數儀大多強調手動干預以提高準確性。用戶在購買設備時應注意操作是否簡單，是否符合工作人員的操作習慣和思路。一般來說，需要的人工干預越少，使用起來就越容易。
